Nace el 28 de noviembre de 1931 a Riudoms (Cataluña), hizo estudios musicales en Barcelona con el maestro Taltabull y en el Conservatorio de Música del Liceu de Barcelona. Siguió más tarde estudios superiores de composición, orquestación, piano y dirección a París (École Normale de Musique i Schola Cantorum).
Tuvo una intensa actividad pianística entre el 1957 y el 1960, con recitales en España, Francia y Alemania. A partir del 1964, mantuvo contactos con la vanguardia musical francesa y se dedicó a la composición. Fue el fundador, con Juli Panyella, y director de Diabolus in Musica, el 1965. A partir de esta fecha, realizó una extraordinaria actividad de divulgación de la música del siglo XX a la cabeza del grupo musical y otros conjuntos y orquestas sinfónicas de España y del extranjero. Dirigió la primera versión discográfica española de la Historia del soldado, de Stravinsky (Ensayo, 1968). El 1969, estrenó el ballet Els cinc continents al Gran Teatre del Liceu, pensionado por la Fundación Juan March. Entre sus numerosas actividades, fue crítico musical del Diario de Barcelona y de diversas revistas, hasta el 1975; conferenciante y director de programas de TVE; Recital, Pentagrama Siglo XX, etc., y autor de una Historia de la Música (Editorial Marín, 1972). A petición del Departamento de Estado de Washington, realizó una gira por los Estados Unidos y ha sido artista invitado en los más prestigiosos centros musicales de Europa y de América.
Ha recibido encargos de orquestas, grupos de cámara y solistas nacionales e internacionales, por la amplia divulgación de su música a escala mundial. Entre otros premios, ha recibido el Premio de Composición Ciudad de Barcelona en 1972, 1978 y 1983; el Premio Nacional del Disco, en 1982 (Premio a la Creación Musical), Gran Premio de Composición Reina Sofía (1983); finalista del Premio Mundial del Disc IRCA (Nueva York); Premio Nacional de Música 1990, y en 1981 fue nombrado Chevalier des Arts et des Lettres título concedido por el Gobierno francés.
En 1981, publicó Ab Orígine, donde sintetiza su pensamiento musical. Fue invitado como compositor y director por la UNEAC (Cuba), en 1984, y por Europalia (Bruselas).
Fundador, en 1986, y director desde entonces del Centro de Documentación y Difusión de la Música Contemporánea (Departamento de Cultura del Ayuntamiento de Barcelona). Director de la Semana Internacional de Música Contemporánea en Barcelona, y socio de honor de la Asociación de Música Electroacústica de España.
En 1988, se publica el libro Joan Guinjoan - Josep M. Mestres-Quadreny ('Diàlegs a Barcelona'), editado por el Ayuntamiento de Barcelona y Laia. En octubre del mismo año fue seleccionada su obra Passim Trio para ser interpretada y retransmitida por Euroradio.
L'OCSA (Olimpíada Cultural SA) en 1989 le encargó componer una ópera sobre Gaudí, con libreto de Josep M. Carandell. En 1991 es nombrado miembro de la Real Academia Catalana de Bellas Artes de Sant Jordi. En 1993 fundó el Concurso Internacional de Composición 'Ciutat de Tarragona'.